खुदीराम का जन्म 3 दिसंबर 1889 को पश्चिम बंगाल के मिदनापुर ज़िले के हबीबपुर गाँव में हुआ था, जो केशपुर पुलिस थाने के अंतर्गत आता है। वे एक तहसीलदार के इकलौते पुत्र थे और उनकी तीन बहनें थीं। बहुत कम उम्र में ही उन्होंने अपने माता-पिता को खो दिया, जिसके बाद उनकी बड़ी बहन ने उनका पालन-पोषण किया। उन्होंने उत्तर 24 परगना ज़िले के हटगछा गाँव में स्थित हैमिल्टन हाई स्कूल से शिक्षा प्राप्त की।
खुदीराम भारत के सबसे युवा स्वतंत्रता सेनानियों में से एक थे। 1900 के दशक की शुरुआत में अरबिंदो घोष और बहन निवेदिता के भाषणों ने उन्हें स्वतंत्रता संग्राम की ओर आकर्षित किया। 1905 में बंगाल विभाजन के दौरान वे एक सक्रिय स्वयंसेवक बन गए। केवल 15 वर्ष की उम्र में उन्हें ब्रिटिश शासन के खिलाफ पर्चे बाँटने के आरोप में पहली बार गिरफ्तार किया गया।
1908 में खुदीराम अनुशीलन समिति से जुड़ गए, जो एक क्रांतिकारी संगठन था और जिसका उद्देश्य ब्रिटिश शासन को उखाड़ फेंकना था। इस समिति का नेतृत्व अरबिंदो घोष और उनके भाई बरिंद्र घोष जैसे राष्ट्रवादी कर रहे थे। यहाँ से खुदीराम पूरी तरह ब्रिटिश विरोधी गतिविधियों में शामिल हो गए। उन्होंने बम बनाना सीखा और सरकारी अधिकारियों को निशाना बनाने के लिए पुलिस थानों के बाहर बम रखे।
डगलस एच. किंग्सफोर्ड, जो उस समय कलकत्ता के प्रेसीडेंसी मजिस्ट्रेट थे, क्रांतिकारियों के निशाने पर आ गए क्योंकि वे स्वतंत्रता सेनानियों के साथ कठोर व्यवहार करते थे। जब उन्हें मुज़फ्फरपुर स्थानांतरित किया गया, तो उम्मीद की गई कि इससे क्रांतिकारियों का गुस्सा शांत होगा, लेकिन ऐसा नहीं हुआ। प्रारंभ में योजना थी कि उनकी अदालत में बम फेंका जाए, लेकिन नागरिकों के हताहत होने की संभावना के कारण यह विचार त्याग दिया गया। इसके बाद, किंग्सफोर्ड को मारने की जिम्मेदारी खुदीराम बोस और प्रफुल्ल चाकी को सौंपी गई।
30 अप्रैल 1908 को, दोनों ने योजना के अनुसार किंग्सफोर्ड की घोड़ा गाड़ी पर हमला किया। खुदीराम ने जैसे ही गाड़ी के पास बम फेंका, एक तेज़ धमाका हुआ। लेकिन दुर्भाग्य से वह गाड़ी किंग्सफोर्ड की नहीं थी, बल्कि उसमें प्रिंगल कैनेडी नामक बैरिस्टर की पत्नी और बेटी सवार थीं, जो धमाके में मारी गईं। इस घटना के बाद दोनों को पकड़ने के लिए व्यापक तलाशी अभियान शुरू हुआ। खुदीराम को अगली सुबह वैनी रेलवे स्टेशन पर 25 किलोमीटर पैदल चलने के बाद गिरफ्तार कर लिया गया, जबकि प्रफुल्ल चाकी ने पकड़े जाने से पहले खुद को गोली मार ली।
खुदीराम को मुज़फ्फरपुर लाया गया, जहाँ लोगों की भीड़ उन्हें देखने के लिए उमड़ पड़ी। मुकदमे के बाद उन्हें मौत की सज़ा सुनाई गई। 11 अगस्त 1908 को, मात्र 18 वर्ष की उम्र में, उन्हें फाँसी दे दी गई। वे भारत के सबसे कम उम्र के उन क्रांतिकारियों में शामिल हो गए, जिन्हें अंग्रेजों ने फाँसी दी।
उनकी वीरता और बलिदान की खबर विभिन्न समाचार पत्रों में प्रकाशित हुई। *अमृत बाजार पत्रिका* और *द एम्पायर* जैसे अख़बारों ने लिखा कि खुदीराम मुस्कुराते हुए फाँसी के तख्ते पर चढ़े। जब उनका शव लाया गया, तब रास्ते भर लोग चुपचाप उन्हें श्रद्धांजलि स्वरूप फूल बरसाते रहे।
उनके बलिदान की गूंज बंगाल के लोकगीतों और कहानियों में अब तक जीवित है। कवि पीतांबर दास ने उनके सम्मान में बंगाली गीत *“एक बार बिदाये दे मा”* लिखा, जो आज भी मातृभूमि के प्रति प्रेम और त्याग की भावना का प्रतीक माना जाता है।